Les premières mentions écrites qui font état de la paroisse et de l’église de Linas datent de 936 ; C’est « une petite abbaye de laquelle dépendent une vingtaine de ménages au village de Linas ».

La présence des reliques fait de l’église un lieu de pèlerinage.

Le bâtiment actuel a été construit sur un édifice du X^ème siècle (d'où les fouilles historiques entreprises lors du chantier de rénovation).

En 1207, est institué un collège de chanoines, qui devient seigneur de la partie nord du village. Il reste de la collégiale la base du clocher et une partie du chœur gothique à chevet plat.

L’église Saint Merry fut profondément remaniée au XVI^ème siècle avec la reconstruction du chœur et le percement du chevet pour installer une grande verrière.

En 1876 l’église étant en ruines, la nef romane, qui menaçait de s’effondrer, fut démolie et reconstruite dans le style gothique du chœur.

Les vitraux du chevet datent du XIX^ème siècle.

L’église est classée « Monument historique » en 1928. Par arrêté préfectoral du 6 mai 1994, l’église est fermée, mais des travaux de restauration sont en cours.